Em 2009, por limitação da altura a concepção do Edifício de Doenças Transmissíveis definida entre 2005 e 2008, e que estava quase acabada teve de ser cancelada. A área da construção do edifício, o número de enfermarias tiveram que ajustadas. Também por essa razão o dormitório e o Edifício de Administração ansexos ao Centro Hospitalar, que se pretendia preservar, também serão demolidos. O actual projecto do Edifício de Doenças Transmissíveis prevê que a altura do edifício seja de 44,2 metros, com altitude total de 61,1 metros, contudo um edifício mais baixo do que a altura do actual Centro Hospitalar Conde de S. Januário e do Edifício de Administração que será demolido. As exigências tecnológicas para a proteção do edifício de doenças transmissíveis são extremamente elevadas, o espaço de trabalho estará dotado de zona de limpeza e zona de descontaminação, para assegurar a segurança dos utentes e dos trabalhadores. O funcionamento do sistema de pressão negativa e do sistema de filtragem eficaz é assegurado por duas instalações mecânicas e eléctricas em grande escala, garantindo que o edifício cumpre os critérios de protecção e de controlo do nível elevado. A altura do edifício obteve concordância do Instituto Cultural (IC) e os pareceres de construção e desenvolvimento do IC serão rigorosamente observados. Os Serviços de Saúde garantem que a concepção deste edifício irá respeitar as condições estabelecidas, nomeadamente, o limite de altura de algumas construções, a distância com os edifícios circundantes, a limitação da cena de rua, a manutenção das árvores velhos além da protecção e preservação do muro da cidade e entre outros pormenores.

Actualmente, a concepção entrou na contabilização de materiais e necessidades

de construção, o que só após a sua conclusão será possível estimar de forma precisa o custo da obra. Inicialmente o orçamento previsto para a construção do Edifício de Doenças Transmissíveis era cerca de 630 milhões.