卫生局表示，原计划扩建的传染病大楼于2009年因限高问题，而必须将2005年至2008年间已近完成的设计方案推倒重来，对大楼的高度、占地面积、病房数量等作重新调整。因仁伯爵综合医院周边地势的关系，原计划保留的宿舍和行政大楼亦因而被迫清拆。

现时，拟扩建的传染病大楼楼高44.2米，海拔高度为61.1米，低于现时仁伯爵综合医院和将清拆的行政大楼的高度。传染病大楼防护技术要求极高，工作空间分别设置洁净和污染区域，保护使用者和工作人员的安全；两层大型的机电设施维持大楼的负压系统和高效过滤系统等的运作，保证大楼符合高度防控的标准。有关大楼的建筑高度已得到文化局的同意，并严格遵守文化局的建筑发展条件的意见，包括部份建筑的特殊限高、与周边建筑物的距离、遵守街影限制、保留区内古树和保护城墙等而进行有关设计。

目前的设计阶段已进入制作建筑数量清单，待完成后将有较准确的成本估算，而之前预计的大楼建筑成本约为6亿3千万。