建設發展辦公室在籌備落實澳門大學橫琴校區河底隧道工程(以下簡稱“澳大隧道工程”)方案的同時，為了減少對生態環境的可能影響，已要求承建商委託專業機構對有關工程進行嚴謹的環境影響評估，並與環境保護局嚴格監管及跟進承建商履行環評報告的內容。環境保護局同時亦積極改善生態二區的生態功能，以及開展紅樹遷移工作，以確保本澳的生態環境。

為應對澳大隧道工程對生態二區南端候鳥覓食區面積之影響，早於2010年秋季環境保護局積極改善生態二區北端的生態功能，包括：一、清理灘塗上生態價值低的老鼠簕，以擴大供候鳥覓食的灘塗面積；二、人工挖掘潮溝以豐富灘塗的地形；三、興建鳥類歇息的鳥礁。上述優化措施目前已完成，近期亦觀察到有較多鷺鳥飛到清理出的灘塗覓食。

另一方面，由於在施工圍堰範圍內的紅樹植物有5種，分別為海欖雌、桐花樹、秋茄、老鼠簕及無瓣海桑。其中無瓣海桑為外來入侵種，老鼠簕為生態價值較低的優勢種，這兩種植物會佔用大面積灘塗而影響其他紅樹植物的生長而需要清理。紅樹專家指出，紅樹林主要生長在泥質的灘塗，由於灘塗移栽須面臨海浪沖擊、泥沙回淤、作業時間短、根系固定難等因素影響，所以紅樹移栽的總體成活率較低。移栽樹齡較大的紅樹往往成活率低於10%。為了保護此區域生長的有價值原生紅樹植物不會明顯減少，環境保護局將移栽隧道範圍內合共250棵的海欖雌和桐花樹(3齡以下)。

此外，環境保護局與民政總署於2009年10月合作採收的紅樹種子，現已培育出一批紅樹苗種，並會透過上述提到的移栽工作，移栽遷移其中的240棵紅樹苗，即此次移栽工作將合共遷移紅樹植物490棵。

為善用澳門寶貴的灘塗資源，以及在澳大隧道工程結束後盡快恢復濕地景觀，環境保護局與民政總署今年將繼續採收及培育紅樹林幼苗，以備工程結束後再進行紅樹移栽，同時會透過不斷補種幼苗來提升紅樹的成活數量。

此外，為全面瞭解生態二區之生態環境背景資料，環境保護局去年底已委託中山大學對生態二區之生態、水質、底泥進行了系統調研。

建設發展辦公室與環境保護局將嚴格監管及跟進承建商履行由國家環境保護部華南環境科學研究所對有關工程建設所提文的《環境影響報告書》內容，並須遵守有關的法律法規、行業標準及技術規範，結合前期已制定的《澳門段及生態保護區施工期環境保護措施方案》及《施工期環境監測方案》、《環境監理方案》、《環境保護措施指引》，以確保項目施工過程中對周邊區域的環境質量影響減至最低。工程並已委託第三方獨立監測單位及監理單位進行施工上的監督。

澳大隧道工程自2010年11月5日動工，首階段進行的兩側圍堰工程，預計今年第一季將完成全部袋裝沙填充及堰體土工工作，而堰體支護水泥旋噴樁亦已緊接土工工序而開展，爭取於今年第二季的汛期開始前完成，使隧道主體施工具備良好的條件。而位於澳門側地下管線及基建設施遷改的前期工作亦將於第一季內完成，並將緊接開始樹木及休憩設施等的遷移工作，爭取於第二季前具備全面開展施工的條件。