建设发展办公室在筹备落实澳门大学横琴校区河底隧道工程(以下简称“澳大隧道工程”)方案的同时，为了减少对生态环境的可能影响，已要求承建商委托专业机构对有关工程进行严谨的环境影响评估，并与环境保护局严格监管及跟进承建商履行环评报告的内容。环境保护局同时亦积极改善生态二区的生态功能，以及开展红树迁移工作，以确保本澳的生态环境。

为应对澳大隧道工程对生态二区南端候鸟觅食区面积之影响，早于2010年秋季环境保护局积极改善生态二区北端的生态功能，包括：一、清理滩涂上生态价值低的老鼠簕，以扩大供候鸟觅食的滩涂面积；二、人工挖掘潮沟以丰富滩涂的地形；三、兴建鸟类歇息的鸟礁。上述优化措施目前已完成，近期亦观察到有较多鹭鸟飞到清理出的滩涂觅食。

另一方面，由于在施工围堰范围内的红树植物有5种，分别为海榄雌、桐花树、秋茄、老鼠簕及无瓣海桑。其中无瓣海桑为外来入侵种，老鼠簕为生态价值较低的优势种，这两种植物会占用大面积滩涂而影响其他红树植物的生长而需要清理。红树专家指出，红树林主要生长在泥质的滩涂，由于滩涂移栽须面临海浪冲击、泥沙回淤、作业时间短、根系固定难等因素影响，所以红树移栽的总体成活率较低。移栽树龄较大的红树往往成活率低于10%。为了保护此区域生长的有价值原生红树植物不会明显减少，环境保护局将移栽隧道范围内合共250棵的海榄雌和桐花树(3龄以下)。

此外，环境保护局与民政总署于2009年10月合作采收的红树种子，现已培育出一批红树苗种，并会透过上述提到的移栽工作，移栽迁移其中的240棵红树苗，即此次移栽工作将合共迁移红树植物490棵。

为善用澳门宝贵的滩涂资源，以及在澳大隧道工程结束后尽快恢复湿地景观，环境保护局与民政总署今年将继续采收及培育红树林幼苗，以备工程结束后再进行红树移栽，同时会透过不断补种幼苗来提升红树的成活数量。

此外，为全面瞭解生态二区之生态环境背景资料，环境保护局去年底已委托中山大学对生态二区之生态、水质、底泥进行了系统调研。

建设发展办公室与环境保护局将严格监管及跟进承建商履行由国家环境保护部华南环境科学研究所对有关工程建设所提文的《环境影响报告书》内容，并须遵守有关的法律法规、行业标准及技术规范，结合前期已制定的《澳门段及生态保护区施工期环境保护措施方案》及《施工期环境监测方案》、《环境监理方案》、《环境保护措施指引》，以确保项目施工过程中对周边区域的环境质量影响减至最低。工程并已委托第三方独立监测单位及监理单位进行施工上的监督。

澳大隧道工程自2010年11月5日动工，首阶段进行的两侧围堰工程，预计今年第一季将完成全部袋装沙填充及堰体土工工作，而堰体支护水泥旋喷桩亦已紧接土工工序而开展，争取于今年第二季的汛期开始前完成，使隧道主体施工具备良好的条件。而位于澳门侧地下管线及基建设施迁改的前期工作亦将于第一季内完成，并将紧接开始树木及休憩设施等的迁移工作，争取于第二季前具备全面开展施工的条件。