身份證明局全局業務於 2009 年 4 月 2 日獲得了英國國際標準組織（BSI）頒發《品質管理體系》（簡稱ISO 9001:2008）認證及《客戶投訴管理系統》（簡稱ISO 10002:2004）認證，當中業務包括：居民身份資料業務、旅行證件業務、刑事紀錄業務、組織暨資訊支援業務、行政暨財政業務、櫃台接待小組接收申請運作以及輔助領導小組詢問處、領證處等公眾接待運作。
一直以來，身份證明局致力通過內部系統化管理來提昇服務質素。為了保證向本澳市民提供優質的服務，旅行證件廳於 2001 年 7 月 18 日首次獲得了 ISO 9001:2000 認證證書。其後，於 2003 年本局將認證範圍擴大至刑事紀錄處，再於2005 年及2006年將範圍擴展至組織暨資訊廳及行政暨財政處的業務上。同時不斷優化質量體系，以符合優質管理的要求，達到持續改善的目的。
此外，為了保證向本澳市民提供準確、清晰的信息和及時、滿意的服務，以及妥善保管、處理有關資料，身份證明局早於 2006 年 1 月獲英國國際標準組織頒發成功通過《資訊保安管理系統》（簡稱BS7799）認證證書，且因應資訊保安管理系統趨向成熟，2007 年將系統升級至ISO 27001：2005 的標準，並於 2007 年 3 月 27 日成功通過認證並於 2007 年 5 月 4 日獲英國國際標準組織頒發證書。
