身份证明局全局业务于 2009 年 4 月 2 日获得了英国国际标准组织（BSI）颁发《品质管理体系》（简称ISO 9001:2008）认证及《客户投诉管理系统》（简称ISO 10002:2004）认证，当中业务包括：居民身份资料业务、旅行证件业务、刑事纪录业务、组织暨资讯支援业务、行政暨财政业务、柜台接待小组接收申请运作以及辅助领导小组询问处、领证处等公众接待运作。
一直以來，身份证明局致力通过内部系统化管理來提升服务质素。为了保证向本澳市民提供优质的服务，旅行证件厅于 2001 年 7 月 18 日首次获得了 ISO 9001:2000 认证证书。其后，于 2003 年本局将认证范围扩大至刑事纪錄处，再于2005 年及2006年将范围扩展至组织暨资讯厅及行政暨财政处的业务上。同时不断优化质量体系，以符合优质管理的要求，达到持续改善的目的。
此外，为了保证向本澳市民提供准确、清晰的信息和及时、满意的服务，以及妥善保管、处理有关资料，身份证明局早于 2006 年 1 月获英国国际标准组织颁发成功通过《资讯保安管理系统》（简称BS7799）认证证书，且因应资讯保安管理系统趋向成熟，2007 年将系统升级至ISO 27001：2005 的标准，并于 2007 年 3 月 27 日成功通过认证并于 2007 年 5 月 4 日获英国国际标准组织颁发证书。
