鑒於近年來本澳水域海岸線及海床深度的不斷改變，有必要對有關資料作出更新，因此港務局編製了最新的澳門港口圖。從新版海圖明顯看到本澳海區的海床深度正在不斷地變淺，尤其是路氹航道、黑沙海灣、機場跑道西南、融和門以西以及澳氹之間水域的淤積問題越趨嚴重，大量淤積的泥沙對於航道通航及航行安全造成了極大的隱憂。

近幾年（2002~2004）本澳航道之年平均疏浚總量超過480萬立方米，相應的疏浚費用超過1億元。嚴重的淤積除了導致維護航道費用的不斷上升以外，並間接加重了海運及海事活動之經濟成本及負擔。

現時本澳主要的公共航道共有5條，分別為：往內港航道、內港航道、外港航道、九澳港航道及路氹航道，其具體資料如下：

往內港航道－由機場跑道東端起始，穿過三座大橋，延伸至航海學校附近。航道總長約為9.3公里，寬度普遍為45米，維持深度為3.5米，通航等級為1000噸級船舶。

內港航道－由航海學校附近起始，向北延伸至筷子基。航道總長約為2.3公里，寬度為55米，維持深度為3.5米，通航等級為1000噸級船舶。

外港航道－由機場跑道東端起始，通過外港兩條防波堤，直至外港碼頭。航道總長約為4.9公里，寬度普遍為120米，維持深度為4.4米，外港航道專供來往港澳之高速客船使用。

九澳港航道－由機場跑道東南方起始，繞過機場海事禁區，直至九澳港。航道總長約為3.5公里，寬度為75米，維持深度為4.4米，通航等級為3000噸級船舶。

路氹航道－由路環西南端起始，向北延伸至西灣大橋西側。航道總長約為7.5公里，路氹航道現時為一條天然航道。

故此，現時本澳各航道之通航尺度只能夠維持在最基本的通航標準，但從航行安全的角度來看，船隻擱淺及碰撞事故機率與航道之寬度及深度是呈反比關係的。因為航道越深，船隻擱淺的機率也就越小、通航噸位限制也越小；同樣，航道越寬，船隻碰撞的機率相對也越小。正因如此，如能對各航道作出適當的優化和治理，有條件地拓寬和加深航道，再加上對周邊水域進行科學的規劃，便能有效治理和改善航行環境，提高船舶之通航等級，減低海上事故發生機率，進一步保障航行安全。

事實上，由於澳門位處珠江河口附近之淺海水域，該水域水流通道多，且地處潮流、徑流交匯地帶，匯流區水流紊亂，泥沙落淤，對泄洪、納潮、排污、通航等都帶來直接的負面影響。澳門附近水域急需治理的問題包括：海床淤積嚴重、疏浚量增加、航道待優化、水環境污染及水動力不足等。另外，四周海岸線在無序的變化之下，亦影響到沿岸地區的防洪能力，若問題不獲解決，將導致水環境的進一步惡化，對本澳以及周邊地區的社會發展構成負面影響。

因此，必須透過合理、專業的水利規劃和科學治理方法對珠江河口澳門附近水域進行統籌及研究，製定出實施計劃的政策措施，進一步對澳門附近水域進行協調統一管理，加快水域治理開發利用，才能夠改善水環境資源、暢通航運交通、提高通航標準、發展海事活動、保護水域生態環境、以適應本地區社會經濟發展的迫切需要。

以內地洪灣水道整治工程為例（洪灣水道位於西灣大橋以西），當時該區水域的流態紊亂、流向多變、相互干擾、水文情勢複雜；而且海床淺、流速慢、導致泥沙大量的淤積，故此有關方面進行了一次整治工程，對不規則的岸線加以治理，利用合理的治導線規劃使水道收窄，令水流加快，增強對航道及附近水域的沖刷，相應減低泥沙的淤積。現時，洪灣水道已經整治為寬500米的規則水道，並已成為珠江三角洲西部來往澳門的黃金水道。

將新海圖（附圖1）與1991年出版的舊海圖（附圖2）進行比較，可以看到洪灣水道在未整治之前，平均水深普遍不足1米。經過整治之後，在水流自然沖刷的情況下，水道內的平均水深無需疏挖便能夠穩定地保持在4米左右，而最深處更達至6米以上。然而，上述整治工程，並未使本澳水域的水環境受益而得到改善，在洪灣水道整治的同期，本澳水域由於未經整治，澳氹之間的水深普遍變淺超過1米，這是從新舊兩版海圖上可以明顯看得到的。

有見及此，自1995年開始，港務局已與珠江水利委員會接觸，商討就本澳附近水域綜合治理規劃進行合作。珠江水利委員會是國家水利部的派出機構，以履行珠江流域水利行政部門的部份職能，組織實施珠江流域水資源的綜合治理開發，並負責管理珠江流域水資源的保護，是國家執行水法及水利整治方面的權威機構。

雙方經過多次的討論和研究，於1998年簽署了《合作開展珠江河口澳門附近水域綜合治理規劃協議書》。共同合作就治導線規劃、改善出海航道、灘塗開發利用及水污染防治四個方面共同展開研究，並制定最有利於整個區域的整治方案。

治導線是治理範圍內所有治理與開發工程建設的外緣控制線，是通過數學模型計算和物理模型試驗等科學手段得出的。在制定治導線時，主要考慮航道整治規劃、灘塗利用和開發以及水污染的防治等。

出海航道整治規劃主要是通過分析數學模型計算和物理模型試驗成果，並根據水域周邊地區的實際情況，對出海航道以及澳門一帶的水域、航道作出規劃。

灘塗開發利用是在滿足泄洪納潮，確保防洪、防潮和航運安全、水環境保護等要求的前提下，結合河口整治，統一規劃，合理開發利用淺海灘塗。

水污染防治是針對未來本澳的污水處理廠的擴建情況、管導連通和經處理後的排水通道問題之具體資料及要求等問題提出建議。

整個合作治理規劃的任務是整治珠江口的出海水道，並重點規劃內港航道、往內港航道及路氹航道，以確保河口的泄洪納潮通暢、發展航運、保護水資源及合理開發灘塗等，並以此作為珠江口澳門附近水域內今後各項專業規劃和工程建設的參考依據。