今年初，珠海市政府基於安全要求，決定從2016年1月17日起，臨時關閉灣仔輪渡客運口岸。特區政府獲悉後，已及時透過多種方式向公眾公佈停航訊息，向社會各界通報情況。同時，繼續做好人員等相關安排，保障內港客運碼頭內外保安及秩序。
鑒於在未來一段時間，灣仔輪渡客運口岸仍然暫停使用。特區政府再次提醒廣大市民，如市民或旅客有需要使用灣仔輪渡客運口岸往來內港客運碼頭以及氹仔臨時客運碼頭，請務必留意需改由關閘邊境站或路氹城邊境站（蓮花口岸）出入境。
珠澳兩地近期已舉行多次工作會議，抓緊協商灣仔輪渡客運口岸的解決方案。特區政府也組織了政府內部跨部門會議，研究臨時關閉灣仔輪渡客運口岸後所連帶產生的影響和應對措施。特區政府有關部門對內港客運碼頭周邊中小企業、相關船務公司的營運情況進行了走訪和調查。有關部門將密切關注受影響商戶申請“中小企業援助計劃”的情況，依法酌情加快審批，協助他們緩解暫時性的經營困難。
特區政府將加大力度與內地有關部委、珠海市政府等抓緊協商灣仔口岸的後續處置方案，減少因臨時關閉灣仔輪渡客運口岸對兩地民眾、企業所產生的影響。
