就有市民反映社會上有些已享有醫療津貼的人士，對醫療券需求不大，導致有人選擇將剩餘的醫療券用來購買參茸海味，故建議轉發「食物券」。衛生局強調，醫療券的主要目的之一是，除補貼市民醫療開支，亦鼓勵加強個人保健。故此，醫療券不只限於診治小病，亦可進行身體檢查、牙齒護理、注射疫苗等。衛生局重申，醫療券不可用於購買參茸海味，任何人士發現違規情況，請致電2822 5050舉報。
此外，《醫療補貼計劃》同時體現扶助私人衛生單位經營和發展的目的，據統計暨普查局《2009年醫療統計》指出，因政府推出的《醫療補貼計劃》，令前往私家診所的求診人次顯著上升16.2%。
而衛生局也非常關注醫生拒收醫療券或對使用醫療券人士提高診費的行為，並採取了多項監管措施，包括展開500多次聯合巡查、常規巡查及現場定點觀察。目前，經證實存在違規行為而被解除協議的參與單位有10個，其中有8名為中藥房駐診中醫。
至於有市民反映，醫療券結算制度需時過長，許多私人醫生不願參加，衛生局表示，早於去年改為每月進行兩次結算和轉賬，一般可在結算期後30日內獲支付有關款項，這一安排效果良好。目前，有651個私人衛生單位、合共1143位醫生加入2010年度計劃，佔合資格參與醫生的8成。
2011年度《醫療補貼計劃》將於6月1日啟動，衛生局已於5月11日及12日舉行了兩場業界講解會，目前為止已有300多個單位提交加入新一年計劃的申請。
