关注到水泥厂运作对周边环境的污染，环境保护局要求水泥厂按照国家现行采用的标准—中华人民共和国国家标准GB 4915-2004《水泥工业大气污染物排放标准》进行检测并每月提交报告，从而以科学数据分析并客观评估水泥厂运作时颗粒物(粉尘)的排放情况，以加强对水泥厂的监管。当中就水泥厂颗粒物厂界无组织排放浓度限值定为每立方米1毫克(小时平均值)，排放监测点需设于厂界外20米处。
环境保护局在收到检测报告后会进行分析，如发现问题除会去函相关监管部门和水泥厂外，亦会联同经济局、土地工务运输局与水泥厂召开会议，要求水泥厂就检测报告反映的问题尽快作出改善。
除透过检测报告监察水泥厂的运作情况，环境保护局关注空气污染问题，并主动派员到现场进行巡查，如发现污染问题，会要求水泥厂尽快改善，以保障环境质素和居民健康。由2010年至2014年4月30日，共250多次派员到水泥厂巡查和跟进情况，向水泥厂发出26次书面意见，以及共召开19次工作会议，会上除讨论检测报告的内容，亦会反映本局巡查和居民投诉情况，要求场所尽快作出改善。现时本局每日持续派员到九澳巡查(包括星期六、日及公众假期)，如发现水泥厂存在问题，亦会即时通知场所及相关监管部门。
由于内地在去年12月底发布了新的《水泥工业大气污染物排放标准》(GB 4915-2013)，提升现行的排放标准(GB 4915-2004)，并于2015年7月1日起执行。为进一步保障环境质素和居民健康，环境保护局正分析执行新排放标准的可操作性。此外，正计划在靠近水泥厂的位置加装空气监测仪，以加强对水泥厂运作进行监测，同时会联同海事及水务局针对水泥厂卸料及运作进行定期检测工作。
